محصولات

تجزیه و تحلیل رویدادهای فسفوریلاسیون گسترده پروتئوم به دلیل پیچیدگی عظیم شبکه های فسفوریلاسیون پروتئین، هنوز یک چالش تحلیلی عمده است.در این کار، ما مکمل بودن Lys-N، Lys-C و تریپسین را با توجه به توانایی آنها در کمک به تجزیه و تحلیل جهانی فسفوپروتئوم ارزیابی می کنیم.یک نسخه تصفیه‌شده از تبادل کاتیونی قوی با pH پایین برای جداسازی مؤثر پپتیدهای استیله‌شده، فسفریله‌شده و غیر اصلاح‌شده N-ترمینال استفاده شد.در مجموع 5036 فسفوپپتید غیر زائد را می توان با نرخ کشف نادرست <1٪ از 1 میلی گرم پروتئین با استفاده از ترکیبی از سه آنزیم شناسایی کرد.داده‌های ما نشان داد که همپوشانی بین مجموعه‌های داده‌های فسفوپپتیدی تولید شده با پروتئازهای مختلف حاشیه‌ای بود، در حالی که همپوشانی بین دو مجموعه داده تریپتیک مشابه تولید شده حداقل ۴ برابر بیشتر بود.به این ترتیب، استفاده موازی از Lys-N و تریپسین باعث افزایش 72 درصدی تعداد فسفوپپتیدهای شناسایی شده در مقایسه با تریپسین به تنهایی شد، در حالی که آزمایش تکرار تریپسین تنها به افزایش 25 درصدی منجر شد.بنابراین، هنگامی که صرفاً بر روی داده‌های تریپسین و Lys-N تمرکز می‌کنیم، 4671 فسفوپپپتید غیر زائد را شناسایی کردیم.تجزیه و تحلیل بیشتر سایت‌های شناسایی‌شده نشان داد که مجموعه داده‌های Lys-N و تریپسین در نقوش فسفوریلاسیون متفاوتی غنی شده‌اند، که بیشتر نشان می‌دهد که رویکردهای چندپروتئازی در آنالیزهای فسفوپروتئوم بسیار ارزشمند هستند.